El nitrógeno (N) es un nutriente clave que afecta al desarrollo de las plantas y la formación de calidad en las plantas de té. Se ha informado de una notable variación genética en la eficiencia de uso del nitrógeno (NUE) entre diferentes genotipos. Sin embargo, los mecanismos moleculares subyacentes a estas diferencias no han sido iluminados. En este estudio, se utilizó un método de rastreo de N para comparar la eficiencia de uso del nitrógeno entre seis genotipos. Los resultados muestran que hubo diferencias significativas en las NUEs entre estos genotipos. Entre ellos, TC12 tuvo la NUE más alta, mientras que LJCY tuvo la NUE más baja. El análisis del transcriptoma entre estos dos cultivares mostró que los genes diferencialmente expresados (DEGs) estaban significativamente enriquecidos en proteínas de antena de la fotosíntesis y en la biosíntesis de zeatina en hojas maduras y brotes nuevos, respectivamente. TC12 tenía niveles de expresión más altos de , , y en las raíces, y en los tallos y brotes, y en las hojas maduras que LJCY. La expresión de y , que están involucrados en la biosíntesis de zeatina, fue regulada a la baja en los brotes de TC12 en comparación con LJCY. Estos hallazgos contribuirán a comprender el mecanismo molecular de la utilización del nitrógeno y los genes candidatos identificados proporcionan un recurso genético para mejorar la eficiencia de uso de N en las plantas de té.