La secuenciación de ADN por shotgun es un enfoque no dirigido para identificar cambios en las abundancias relativas, mientras que la qPCR permite la cuantificación reproducible de bacterias específicas. El índice de disbiosis canina (DI) evalúa la microbiota fecal canina utilizando un algoritmo matemático basado en los resultados de qPCR. Evaluamos la correlación entre qPCR y secuenciación utilizando muestras fecales de 296 perros con diferentes fenotipos clínicos. Si bien se encontraron correlaciones significativas entre qPCR y secuenciación, ciertos taxones solo fueron detectables por qPCR y no por secuenciación. Basado en la secuenciación, menos del 2% de las especies bacterianas (17/1190) estaban presentes de manera consistente en todos los perros sanos (n = 76). Los perros con un DI anormal tenían menor alfa-diversidad en comparación con los perros con DI normal. Los aumentos en el DI predijeron correctamente los cambios graduales en la microbiota observados por secuenciación: cambios menores (R = 0.19, DI < 0 con cualquier taxón dirigido fuera del intervalo de referencia, RI), cambios leves-moderados (R = 0.24, 0 < DI < 2) y disbiosis significativa (R = 0.54, 0.73 y 0.91 para DI > 2, DI > 5 y DI > 8, respectivamente), en comparación con perros con un DI normal (DI < 0, todos los objetivos dentro del RI), ya que valores R más altos indicaron mayores disimilitudes. En conclusión, el DI basado en qPCR es un indicador efectivo de los cambios generales en la microbiota observados por secuenciación por shotgun en perros.