El amaranto es un alimento básico prometedor que produce semillas con excelente calidad nutricional. Aunque las especies cultivadas destinadas a la producción de granos tienen características agronómicas interesantes, se conoce relativamente poco sobre las especies silvestres, que pueden prosperar en diversos entornos y podrían ser una rica fuente genética para la mejora de cultivos. Este trabajo se centra en la comparación proteómica entre las semillas de especies de amaranto silvestres y cultivadas utilizando extracción de proteínas basada en polaridad y electroforesis en gel bidimensional. Las proteínas acumuladas diferencialmente (DAPs) mostraron cambios en las sintasas de almidón unidas a gránulos y una amplia gama de isoformas de globulina 11S. El perfil electroforético de estas proteínas sugiere que pueden contener una fosforilación significativa como modificaciones post-traduccionales (PTMs), que fueron confirmadas mediante inmunodetección. Estas PTMs pueden impactar la funcionalidad fisicoquímica de las proteínas de almacenamiento, con posibles implicaciones para las características agronómicas de las semillas y aplicaciones en sistemas alimentarios. También se discuten las DAPs de baja abundancia con patrones de acumulación altamente variables; estas estaban involucradas en diversos procesos moleculares, como la regulación génica, el almacenamiento de lípidos y la respuesta al estrés.