La leche de cabra es una excelente fuente de nutrientes, con mayores beneficios en comparación con la leche de vaca. Hay información limitada disponible sobre las razas autóctonas de cabra, que son importantes para la preservación de la biodiversidad. En este estudio, el objetivo de utilizar cuantificación sin etiquetas fue investigar el proteoma de la leche de dos razas de cabra, las razas autóctonas Teramana y Saanen, que son comúnmente utilizadas por la industria. Utilizando análisis proteómico sin etiquetas, se identificaron y cuantificaron 749 y 666 proteínas, respectivamente, de la leche de cabra Teramana y Saanen. Además, utilizando análisis estadístico, 29 proteínas pudieron discriminar las dos razas de cabra, con muchas de las proteínas identificadas involucradas en cascadas de complemento y coagulación. Este trabajo mejora nuestra comprensión del proteoma de la leche de cabra y muestra diferencias entre las dos razas, lo que contribuye de manera importante a una visión molecular más detallada de este sustrato único. Además, la caracterización de las proteínas de la leche puede ayudar a guiar mejoras genéticas en los rebaños de cabras, aumentando así su uso en la nutrición humana.