El líquido folicular ovárico se utiliza ampliamente para la maduración in vitro de oocitos, pero su caracterización en profundidad para extraer todos los efectos beneficiosos sigue sin estar clara. Aquí, realizamos proteómica tanto por shotgun (cromatografía líquida a nanoescala acoplada a espectrometría de masas en tándem o nanoLC-MS/MS) como basada en gel (electroforesis en gel diferencial en dos dimensiones o 2D-DIGE), seguida de bioinformática funcional para comparar los proteomas de los líquidos foliculares recolectados de folículos pequeños (6-12 mm) de ovarios de cerdo. Se detectaron un total de 2321 puntos únicos con el 2D-DIGE en folículos pequeños y grandes, mientras que se detectaron 2876 proteínas con un 88% de anotaciones exitosas con el enfoque de shotgun. Los enfoques de shotgun y 2D-DIGE revelaron aproximadamente 426 y 300 proteínas que eran respectivamente comunes entre las muestras. Seis proteínas detectadas con ambos enfoques técnicos se expresaron de manera significativamente diferente entre folículos pequeños y grandes. Vías como la señalización de estrógenos y PI3K-Akt estaban significativamente enriquecidas en folículos pequeños, mientras que las vías de complemento y cascadas de coagulación estaban significativamente representadas en folículos grandes. Las proteínas reguladas al alza en folículos pequeños favorecían la maduración del oocito, mientras que las de folículos grandes estaban involucradas en la preparación del proceso ovulatorio. Se detectaron pocas proteínas con roles potenciales durante las interacciones esperma-oocito, especialmente en el líquido folicular de folículos grandes, apoyando el papel potencial del líquido folicular ovárico en la migración intrafalopiana de espermatozoides y la interacción con el oocito.