El desarrollo testicular y la espermatogénesis están regulados de manera estricta por genes codificantes y no codificantes, siendo el ARNm y el lncARNm fundamentales en la regulación de la expresión génica post-transcripcional. Sin embargo, existen diferencias significativas en los mecanismos regulatorios antes y después de la madurez sexual. No obstante, los ARNm y lncARNm en los testículos de los caballos mongoles no han sido identificados de manera sistemática. En este estudio, primero identificamos los tejidos testiculares de caballos mongoles sexualmente inmaduros y maduros a nivel de tejido y proteína, y analizamos de manera integral los perfiles de expresión de ARNm y lncARNm en los testículos de caballos mongoles de 1 año (12 meses, n = 3) y de 10 años (n = 3) utilizando tecnología de secuenciación de ARN. A través del análisis de expresión génica, identificamos 16,582 ARNm y 2128 lncARNm desconocidos que se expresan comúnmente en caballos mongoles sexualmente inmaduros y maduros. Mientras tanto, se identificaron 9217 ARNm (< 0.05) y 2191 lncARNm desconocidos (< 0.05) como diferencialmente expresados entre las dos etapas, que fueron validados adicionalmente mediante PCR cuantitativa en tiempo real y analizados utilizando Gene Ontology (GO) y la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto (KEGG). Los resultados del análisis mostraron que los genes en la etapa sexualmente inmadura estaban principalmente enriquecidos en términos relacionados con la infraestructura celular, mientras que los genes en la etapa sexualmente madura estaban enriquecidos en términos asociados con hormonas, metabolismo y espermatogénesis. En resumen, los hallazgos de este estudio proporcionan recursos valiosos para una comprensión más profunda de los mecanismos moleculares subyacentes al desarrollo testicular y la espermatogénesis en caballos mongoles y ofrecen nuevas perspectivas para futuras investigaciones relacionadas.