Para comparar la identificación de organismos utilizando la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y el cultivo de orina (UC) en pacientes con infecciones urinarias complejas (cUTIs), revisamos los resultados de 3395 pacientes atendidos durante 2022 con cUTI que se sometieron a pruebas concomitantes de PCR y UC. Comparamos las tasas de positividad generales, así como la capacidad de cada prueba para identificar organismos exigentes (FOs) y la presencia de infecciones polimicrobianas (PMOs), y realizamos un análisis de concordancia entre las pruebas. La PCR detectó un 36.4% más de organismos que el UC y fue 20 y casi 36 veces más probable que detectara PMOs y FOs, respectivamente. La PCR identificó el 90.6% de los organismos encontrados en el UC, mientras que el UC identificó el 40.7% de los organismos encontrados en la prueba de PCR. Encontramos que el 62.4% de los organismos encontrados en la PCR no se encontraron en el cultivo de orina, mientras que el UC encontró el 9.4% de los organismos no identificados en la reacción en cadena de la polimerasa. Todas estas diferencias fueron estadísticamente significativas (< 0.05). Aunque encontramos que la PCR era superior al UC en la detección general de patógenos y en la detección de PMOs y FOs, ambos identificaron organismos potencialmente patógenos no encontrados en la prueba correspondiente. Nuestros datos sugieren fuertemente que la evaluación de pacientes con cUTI se realiza mejor utilizando PCR junto con UC.