El arroz barnyardgrass (una monocotiledónea) y el yerbadetajo (una dicotiledónea) son las malezas más problemáticas en los campos de arroz en China. El herbicida sintético auxina florpyrauxifen-bencilo puede controlar efectivamente ambas malezas. El objetivo de esta investigación fue aclarar los modos de acción de florpyrauxifen-bencilo en barnyardgrass y yerbadetajo. Nuestros resultados mostraron que el yerbadetajo fue más sensible al florpyrauxifen-bencilo que el barnyardgrass: la inhibición del 50% de la tasa de crecimiento en barnyardgrass y yerbadetajo fue de 4.14 y 0.38 g a.i. ha, respectivamente. Florpyrauxifen-bencilo indujo el precursor de etileno 1-aminociclopropano-1-carboxílico (ACC) y ácido abscísico (ABA) en yerbadetajo en 24 h, mientras que en barnyardgrass, la mayor producción ocurrió a las 12 h y disminuyó a las 24 h. Los niveles de ACC y ABA en yerbadetajo a las 24 h de tratamiento fueron significativamente más altos que los de barnyardgrass en cualquier momento. Hubo menos genes diferencialmente expresados relacionados con la síntesis de etileno y ABA en barnyardgrass que en yerbadetajo. Hubo cinco genes inducidos a aumentar por florpyrauxifen-bencilo en barnyardgrass y once genes en yerbadetajo. Se indujeron más genes de ACC oxidasa en barnyardgrass y más genes de síntesis de ACC en yerbadetajo, especialmente tres (>30 veces). Especulamos que las diferencias en la expresión génica causaron diferencias en la producción de etileno y ABA, lo que llevó a diferencias en la fitotoxicidad.