Para investigar la evolución molecular de los mitogenomas entre la familia Scaridae, se determinaron y compararon las secuencias completas de mitogenomas de doce especies de peces loro con las de otras siete especies de peces loro. El análisis comparativo reveló que las características generales y la organización del mitogenoma eran similares entre las 19 especies de peces loro. La composición de bases era similar entre los peces loro, con la excepción del género, que exhibió una inusual desviación negativa de AT en todo el mitogenoma. Los PCGs mostraron un uso de codones similar, y todos ellos experimentaron una fuerte selección purificadora. Se detectó la reorganización genética típica de los peces loro, con el insertado entre el y el, y el fue seguido por un posible pseudogén. Los mitogenomas de los peces loro mostraron superposiciones de genes conservadas y una estructura secundaria en la mayoría de los genes de tRNA, mientras que los espaciadores intergénicos no codificantes variaron entre especies. El análisis filogenético basado en los trece PCGs y dos rRNAs apoyó fuertemente la hipótesis de que los peces loro podrían subdividirse en dos clados con adaptaciones ecológicas distintas. La divergencia temprana de los clados de pasto marino y arrecife de coral ocurrió a finales del Oligoceno, probablemente relacionada con la expansión del hábitat de pasto marino. La posterior diversificación dentro del clado de arrecife de coral podría datarse en el Mioceno, probablemente asociada con la alternancia de la geomorfología desde el cierre del océano de Tethys. Este trabajo proporcionó datos moleculares fundamentales que serán útiles para la identificación de especies, la conservación y estudios posteriores sobre la evolución de los peces loro.