Para entender los mecanismos moleculares y las estrategias adaptativas de los peces holocentridos, secuenciamos el mitogenoma de ocho especies dentro de la familia Holocentridae y los comparamos con seis otras especies holocentridas. Se encontró que los mitogenomas tenían una longitud de 16,507-16,639 pb y codificaban 37 genes mitocondriales típicos, incluidos 13 PCGs, dos ARN ribosomales y 22 genes de ARN de transferencia. Estructuralmente, la disposición de los genes, la composición de bases, el uso de codones, el tamaño del tRNA y las estructuras secundarias putativas eran comparables entre especies. De los 13 PCGs, el más específico fue el gen que exhibió sesgos negativos de AT y sesgos positivos de GC. La mayoría de los genes comienzan con el codón estándar ATG, excepto uno, que comienza con el codón GTG. Al examinar su filogenia, se verificó que dos especies estaban estrechamente relacionadas y pertenecían a la misma subfamilia Holocentrinae, mientras que otras pertenecían a la otra subfamilia Myripristinae. Las subfamilias se distinguieron claramente por clados con soporte de alta confianza, lo que proporciona evidencia para explicar las diferencias en la morfología y los hábitos alimenticios entre las dos subfamilias. El análisis de presión de selección indicó que todos los PCGs estaban sujetos a selección purificadora. En general, nuestro estudio proporciona una valiosa visión sobre el comportamiento de hábitat, la evolución y los roles ecológicos de estos importantes peces marinos.