La familia Ophichthidae tiene el mayor número y la mayor variedad de especies (alrededor de 359 especies válidas) en el orden Anguilliformes a nivel mundial. Se han utilizado tanto características morfológicas como moleculares para evaluar su estatus taxonómico. Sin embargo, debido a las características morfológicas ambiguas, se han implementado datos moleculares como las secuencias de ADN mitocondrial para la correcta identificación y clasificación de estos peces. En este estudio, se investigaron por primera vez las características de disposición y estructura del genoma mitocondrial de dos Ophichthidae. Las longitudes totales de los mitogenomas fueron de 17,759 pb y 17,856 pb, respectivamente. Comparando con el orden genético mitocondrial ancestral, ocurrió un reordenamiento genético irregular entre los genes y tRNA-Pro (P) con otra región de control similar emergiendo entre tRNA-Thr (T) y genes, lo que podría explicarse adecuadamente por el modelo de duplicación en tándem y pérdida aleatoria (TDRL). El árbol filogenético ML demostró que la familia Ophichthidae tenía un origen monofilético, pero el género podría ser polifilético debido a las confusas relaciones de agrupamiento entre diferentes especies.