La acuicultura se ha convertido en el sector de más rápido crecimiento en la agricultura global. La degradación ambiental, las enfermedades y la alta densidad de la maricultura han provocado un cambio inevitable en la producción de maricultura de áreas costeras a áreas de alta mar. La influencia que ejercen los entornos de cultivo costeros tradicionales y los emergentes de alta mar sobre el crecimiento acuático, la inmunidad y la flora microbiana intestinal no está clara. Para abordar esta cuestión, comparamos el rendimiento de crecimiento, los indicadores fisiológicos y las diferencias microbiológicas intestinales de la acuicultura de alta mar y costera en el Golfo Beibu de Guangxi, China. Los resultados mostraron que el rendimiento de crecimiento y el complemento de C3 y C4 (C3, C4), la superóxido dismutasa (SOD) y la lisozima (LYS), estos indicadores fisiológicos y bioquímicos en el hígado, riñón y músculo, mostraron diferencias significativas bajo diferentes condiciones de crianza. El análisis de secuenciación de metagenomas mostró que, , y fueron los tres filos dominantes, representando el 52.98/53.32 (costero/alta mar), 24.30/22.13 y 10.39/11.82%, respectivamente. Alineados contra la base de datos CARD, se seleccionaron un total de 23/2 (costero/alta mar) genes de resistencia a antibióticos y se agruparon en 4/2 genotipos. Esto indicó que, en comparación con los peces de alta mar, los niveles más altos de oxígeno biológico (3.10 veces), nitrógeno inorgánico (110.00 veces) y niveles de fosfato lábil (29.00 veces) en aguas costeras podrían haber contribuido a la existencia de eutrofización con resistencia a antibióticos. Los resultados del estudio pueden proporcionar datos complementarios sobre el estudio de la diferencia entre la acuicultura de alta mar y la acuicultura costera tradicional, sirviendo como referencia para futuros trabajos en profundidad sobre la transformación del desarrollo pesquero y la estandarización científica de la acuicultura de alta mar.