Los bovinos marrones de Xinjiang son una raza única y ampliamente distribuida de ganado de doble propósito en la región de Xinjiang, China, cuya producción de leche difiere de la de los bovinos Holstein. Se ha conocido que las variaciones en las especies bacterianas del tracto gastrointestinal influyen en la síntesis de proteínas, grasas y lactosa de la leche. Sin embargo, se conocen menos las diferencias en la microbiota entre los bovinos marrones de Xinjiang y los Holstein. Este estudio tiene como objetivo comparar la composición de la comunidad bacteriana del rumen y las heces de estas dos razas de ganado bajo las mismas condiciones dietéticas y de manejo. Se obtuvieron datos de secuenciación de 16s rRNA y producción de leche de 18 vacas marrones de Xinjiang y 20 vacas Holstein en la misma granja para su análisis. Los resultados confirmaron diferencias en la producción de leche entre los bovinos marrones de Xinjiang y los Holstein. Se identificaron microbiotas con diferentes abundancias relativas entre estas dos razas de ganado, y sus funciones biológicas podrían estar relacionadas con la síntesis de leche. Este estudio aumenta la comprensión de las diferencias en la microbiota entre los bovinos marrones de Xinjiang y los Holstein y podría proporcionar información útil para la optimización de la composición de la microbiota de estos ganados lecheros.