La estructura de la comunidad microbiana en el agua de acuicultura juega un papel importante en la diversidad microbiana intestinal de los animales acuáticos. La tortuga de caparazón blando china (SST) es una especie de acuicultura de alto valor económico en la región de Asia-Pacífico. Una comprensión intuitiva de la diversidad microbiana y las abundancias de la acuicultura de SST es crucial para comprender estos ecosistemas. En este estudio, se investigaron las características evolutivas de las comunidades bacterianas en la SST y sus sistemas de agua de acuicultura utilizando secuenciación Illumina MiSeq. Este experimento muestreó nueve SST de un estanque fuera de un invernadero y se repitió tres veces. Los resultados de la secuenciación revelaron diferencias significativas en la composición de la microflora a nivel de filo y género tanto en el intestino como en el agua de acuicultura de las SST en los entornos de invernadero y estanque. Se identificaron un total de 1039 géneros pertenecientes a 65 filos. A nivel de filo, las abundancias relativas de (24%), (5%) y (3%) fueron más altas en el agua del invernadero que en el agua del estanque. Las abundancias relativas de (35%), (8%) y (4%) fueron más altas en el agua del estanque que en el agua del invernadero. Los microorganismos intestinales en las SST experimentaron cambios significativos después de que las SST fueron transferidas de un cultivo en invernadero a un cultivo en estanque durante 28 días. Después de que las SST fueron cultivadas en los estanques, observamos disminuciones en las abundancias relativas de (39% a 25%), (24% a 0.8%), (9% a 3%) y (5.5% a 0.8%). Sin embargo, observamos aumentos en las abundancias relativas de (2% a 35%) y (0.3% a 25%). Estos resultados mostraron que la diversidad y riqueza bacteriana en el tracto intestinal y el agua de acuicultura eran las mismas. Sin embargo, las abundancias relativas de las comunidades bacterianas variaron. Los resultados de este estudio son de gran importancia para entender cómo el medio ambiente afecta las culturas de SST. Estos datos pueden proporcionar instrucciones valiosas para la gestión de la acuicultura de la tortuga de caparazón blando china.