Los murciélagos son un grupo diverso y ecológicamente importante de mamíferos que exhiben una notable diversidad en sus hábitos alimenticios. Se piensa que estos diversos hábitos alimenticios se reflejan en la composición y función de su microbiota intestinal, que desempeña roles importantes en la adquisición de nutrientes, la función inmunológica y la salud en general. A pesar de la rica biodiversidad de especies de murciélagos en América del Sur, hay una falta de estudios sobre microbiomas que se centren en los murciélagos de esta región. Tales estudios podrían ofrecer importantes conocimientos sobre los esfuerzos de conservación y la preservación de la biodiversidad en América del Sur. En este trabajo, nuestro objetivo fue comparar la microbiota intestinal de cuatro especies de murciélagos con diferentes hábitos alimenticios del sur de Brasil, incluyendo murciélagos nectarívoros, frugívoros, insectívoros y hematófagos. Nuestros hallazgos demuestran que los hábitos alimenticios pueden tener un impacto significativo en la diversidad y composición de las microbiotas intestinales de los murciélagos, con cada especie exhibiendo potenciales metabólicos únicos relacionados con sus nichos dietéticos. Además, la identificación de bacterias potencialmente patógenas sugiere que el transporte de patógenos microbianos por los murciélagos puede variar, dependiendo de los hábitos alimenticios y factores específicos del hospedador. Estos hallazgos proporcionan nuevos conocimientos sobre la relación entre los hábitos alimenticios de los murciélagos y la composición de la microbiota intestinal, destacando la necesidad de promover hábitats diversos y fuentes de alimento para apoyar a estas especies ecológicamente importantes.