Los cambios ambientales y los hábitos dietéticos podrían afectar directamente la microbiota intestinal de los animales. En este estudio, investigamos la microbiota intestinal de los monos dorados de nariz de cerdo en dos condiciones diferentes: en cautiverio y en estado salvaje. Nuestro estudio adoptó un método de muestreo no invasivo, utilizando la tecnología de secuenciación Pacbio SMAT de 16S rRNA de longitud completa para comparar la microbiota intestinal de los monos dorados de nariz de cerdo salvajes y en cautiverio. Los resultados mostraron que las poblaciones en cautiverio tenían una mayor diversidad alfa que las poblaciones salvajes, y también hubo diferencias significativas en la diversidad beta. El análisis del tamaño del efecto del análisis discriminante lineal (LEfSe) mostró 39 unidades taxonómicas distintivamente diferentes. A nivel de filo, las bacterias más dominantes en condiciones de cautiverio y salvajes fueron Bacteroidetes y Firmicutes. Este estudio reveló que la diferente ingesta de fibra entre las poblaciones salvajes y en cautiverio podría ser la principal razón de la diferencia en la microbiota intestinal. Encontramos que los monos dorados de nariz de cerdo en cautiverio tenían menos bacterias beneficiosas y más bacterias potencialmente patógenas que los salvajes. Las predicciones funcionales mostraron que la vía funcional más significativa en el segundo nivel entre los monos en cautiverio y salvajes fue el metabolismo de carbohidratos. Por lo tanto, nuestros resultados indican que los cambios dietéticos causados por el cautiverio podrían ser la principal razón que impacta la microbiota intestinal de los monos dorados de nariz de cerdo en cautiverio. Además, destacamos el impacto potencial de los cambios dietéticos en la salud de los monos dorados de nariz de cerdo en cautiverio y ofrecemos algunas sugerencias para la alimentación de estos monos.