Los desequilibrios en la composición de la microbiota intestinal pueden llevar a varios trastornos reproductivos y enfermedades durante el embarazo. Este estudio investiga la composición del microbioma fecal entre vacas primíparas y multiparas durante la no gestación y el embarazo para analizar el equilibrio huésped-microbiano en diferentes etapas. Las muestras fecales obtenidas de seis vacas antes de su primer embarazo (BG), seis vacas durante su primer embarazo (FT), seis vacas abiertas con más de tres lactancias (DCNP) y seis vacas embarazadas con más de tres lactancias (DCP) fueron sometidas a secuenciación de 16S rRNA, y se realizó un análisis diferencial de la composición de la microbiota fecal. Los tres filos más abundantes en la microbiota fecal fueron (48.68%), (34.45%) y (15.42%). Hay 11 géneros con más del 1.0% de abundancia a nivel de género. Tanto la diversidad alfa como la diversidad beta mostraron diferencias significativas entre los cuatro grupos (< 0.05). Además, las mujeres primíparas se asociaron con una alteración profunda de la microbiota fecal. Los taxones más representativos incluyeron , , , , , , , , que se asociaron con el metabolismo energético y la inflamación. Los hallazgos indican que las interacciones huésped-microbiano promueven la adaptación al embarazo y beneficiarán el desarrollo de probióticos o trasplantes fecales para tratar la disbiosis y prevenir el desarrollo de enfermedades durante el embarazo.