Para investigar el efecto de la infección por coccidiosis en la microbiota cecal, se seleccionaron familias resistentes y susceptibles en función de los índices de evaluación de resistencia a la coccidiosis después de la infección. Posteriormente, se realizó un análisis comparativo de los microorganismos cecales entre los grupos de control, resistentes y susceptibles, así como entre diferentes períodos tras el desafío, utilizando tecnología de secuenciación metagenómica. Los resultados mostraron que la abundancia de patógenos oportunistas, como , , y en el grupo susceptible y y en el grupo resistente, fue significativamente mayor en el día 27 post-inoculación (PI) (el período de recuperación) que en el día 5 PI (el período de infección). Además, la abundancia de , , y en el grupo susceptible y , , , y en el grupo resistente mostró una tendencia ascendente significativa durante el período de infección en comparación con el período de recuperación. En el día 5 PI, la abundancia de y se redujo en ambos grupos, resistente y susceptible, en comparación con el grupo de control y fue mayor en el grupo resistente que en el grupo susceptible, mientras que en el grupo susceptible tuvo una abundancia relativamente mayor que en los otros grupos. Se identificaron un total de 49 taxones biomarcadores utilizando el método de análisis de discriminante lineal (LDA) y tamaño del efecto (LEfSe). De estos, la abundancia relativa de , , , y aumentó en el grupo resistente, mientras que , , , y se enriquecieron en el grupo susceptible. En el día 27 PI, los puntajes de LDA identificaron 43 biomarcadores, entre los cuales la abundancia relativa de y aumentó en el grupo resistente, mientras que la de , , , y se incrementó en el grupo susceptible. Nuestros resultados indicaron que la infección afecta la estructura de la microbiota cecal durante los períodos de desafío y recuperación. Estos hallazgos mejorarán la comprensión de los efectos de los cambios en la microbiota cecal en los pollos después de la infección por coccidia y proporcionarán una referencia para futuras investigaciones sobre los mecanismos subyacentes a cómo la microbiota intestinal influye en el crecimiento y la salud de los pollos.