Tritordeum es un cereal novedoso hexaploide derivado del cruce entre una especie de cebada silvestre chilena (Roem. et Schultz) y trigo duro (ssp. Desf.) que potencialmente es de gran interés para la nutrición humana. En este estudio, se analizaron un cultivar comercial y un experimental de Tritordeum en comparación con un trigo duro de referencia bajo manejo convencional y orgánico. Demostramos que Tritordeum está mejor adaptado a la agricultura orgánica a través de un aumento en la comunidad de rizosfera subterránea del filo Bacteroidetes, que incluye muchas especies de bacterias conocidas por ejercer efectos beneficiosos en las plantas, especialmente para el crecimiento de las raíces. A pesar de un rendimiento de grano considerablemente menor, Tritordeum presentó mejores características de calidad que el trigo duro, especialmente bajo manejo convencional de agricultura orgánica, en cuanto a contenidos de proteína total, subunidades de glutenina de alto peso molecular, fenoles antioxidantes libres y nutrientes (es decir, calcio, potasio, azufre, hierro y zinc), dependiendo del cultivar. Concluimos que Tritordeum es un cereal prometedor en vista de sus características de calidad y su adaptabilidad a prácticas sostenibles de manejo de cultivos, como la agricultura orgánica, aunque se debería buscar una mejora adicional en el potencial de rendimiento mediante la cría y la optimización del método de cultivo.