Las comunidades microbianas del suelo tienen un papel importante en el establecimiento y la salud de las plantas. En particular, el papel del microbioma del suelo en la agricultura es de interés actual. El estudio de las comunidades microbianas asociadas con la verdolaga podría plantear preguntas sobre la explotación racional de la microbiota con fines agrícolas sostenibles. En este estudio, se evaluó la composición de las comunidades fúngicas y bacterianas y las funciones metabólicas bacterianas, asociadas con las rizosferas de dos genotipos de verdolaga (uno disponible comercialmente y otro recolectado de forma silvestre en España). Los resultados mostraron un claro efecto del genotipo de la verdolaga en la composición de las comunidades fúngicas y bacterianas y perfiles funcionales. La comunidad bacteriana de la rizosfera de la verdolaga comercial se caracterizó por tener más vías metabólicas, principalmente vías relacionadas con Terpenoides y Policétidos, Carbohidratos, Lípidos y Metabolismo de Aminoácidos. En contraste, la comunidad bacteriana de la rizosfera del genotipo español (silvestre) se caracterizó por el enriquecimiento de funciones relacionadas con procesos celulares como la motilidad celular y el transporte. Hipotetizamos que estas diferencias podrían deberse a efectos diferenciales de la composición de exudados de raíces en la composición funcional de la comunidad microbiana. Este hallazgo señala la necesidad de considerar las diferencias en las características funcionales de los genotipos de plantas al seleccionar los microorganismos beneficiosos a utilizar como biofertilizantes con el objetivo de maximizar el crecimiento de las plantas y la resistencia a factores estresantes ambientales.