Los patos mallard son actualmente una de las especies más populares en la cría de aves raras en varias provincias del sur de China, pero no ha habido estudios que comparen las comunidades microbianas intestinales de los patos mallard domésticos y salvajes. En este estudio, se utilizó la tecnología de secuenciación de alto rendimiento del gen 16S rRNA para comparar la composición y diversidad de las comunidades microbianas intestinales en patos mallard domésticos y salvajes. El análisis de diversidad alfa mostró diferencias significativas en las comunidades microbianas intestinales entre los dos grupos de patos mallard, y la diversidad y riqueza de las comunidades microbianas intestinales fueron significativamente mayores en los patos mallard salvajes que en los domésticos. El análisis de diversidad beta mostró que los dos grupos de muestras de heces estaban mayormente separados en el gráfico de análisis de coordenadas principales (PCoA). En los patos mallard domésticos, Firmicutes (68.0% +/- 26.5%) fue el filo bacteriano más abundante, seguido de Proteobacteria (24.5% +/- 22.9%), Bacteroidetes (3.1% +/- 3.2%), Fusobacteria (2.2% +/- 5.9%) y Actinobacteria (1.1% +/- 1.8%). Los filos bacterianos dominantes en los patos mallard salvajes fueron Firmicutes (79.0% +/- 10.2%), Proteobacteria (12.9% +/- 9.5%), Fusobacteria (3.4% +/- 2.5%) y Bacteroidetes (2.8% +/- 2.4%). A nivel de género, se detectaron un total de 10 géneros dominantes con una abundancia relativa promedio superior al 1% en las muestras fecales de ambos grupos. La abundancia relativa promedio de cinco géneros patógenos potenciales fue mayor en los patos mallard domésticos que en los salvajes. El enriquecimiento de bacterias patógenas en el tracto intestinal de los patos mallard domésticos debería ser motivo de preocupación suficiente.