Este documento cuestiona la evaluación de los sistemas de innovación y las mediciones de innovación y la efectividad de las políticas de innovación aplicadas a nivel territorial al evaluar si la puntuación regional europea existente es efectiva para proporcionar información precisa a los tomadores de decisiones en regiones montañosas. El objetivo de la investigación es proporcionar, a través de un análisis comparativo utilizando métodos estadísticos multimétodos de dos macroregiones montañosas (los Alpes y los Cárpatos), un camino posible y disponible para desarrollar nuevas perspectivas y puntos de vista alternativos sobre el rendimiento de los sistemas de innovación para la toma de decisiones informada y basada en el territorio utilizando los indicadores del Marcador Regional de Innovación. La metodología utilizada incluye estadísticas descriptivas, prueba bivariada de chi-cuadrado, prueba de Student, ANOVA de una vía con comparaciones múltiples post hoc de Bonferroni, análisis de regresión multilínea y árbol de decisión con algoritmo CRT (árboles de clasificación y regresión). Nuestros resultados enfatizan las similitudes y diferencias entre las regiones montañosas de los Alpes y los Cárpatos, encuentran los mejores predictores para cada región montañosa y proporcionan una base científica para el desarrollo de un enfoque holístico que vincula la teoría de la medición, los sistemas de innovación, las políticas de innovación y su enfoque territorial hacia el desarrollo sostenible de las zonas montañosas. La contribución del documento es relevante en el contexto de áreas remotas, rurales y montañosas, que suelen quedarse rezagadas en términos de oportunidades de innovación y en el contexto de las secuelas de la COVID-19 con restricciones presupuestarias. Los resultados actuales son pertinentes para diseñar estrategias efectivas de especialización inteligente en estas regiones debido a las dificultades que enfrentan la mayoría de las áreas remotas y las regiones menos desarrolladas en el desarrollo de políticas de innovación.