En este estudio, analizamos las incertidumbres y factores influyentes asociados con dos métodos diferentes para determinar el carbono orgánico ligado al hierro en el suelo (Fe-OC). Al comparar muestras de suelo de humedales, praderas y bosques, los resultados mostraron que el Fe-OC determinado por el método de citrato-bicarbonato-ditionito (CBD) fue principalmente afectado por la relación C:N (C/N), el contenido de arcilla (Clay%) y el carbono total (TC), mientras que el Fe-OC determinado por el método de sulfato-ditionito (SD) fue principalmente afectado por el carbono orgánico del suelo (SOC), el nitrógeno total y el carbono inorgánico del suelo. En los ecosistemas de pradera, la elección del método impactó significativamente la estimación del Fe-OC, siendo el método CBD superior al método SD, mientras que no se encontraron diferencias significativas entre los dos métodos en humedales y bosques. En conclusión, las futuras determinaciones de Fe-OC deben tener en cuenta los tipos de ecosistemas y las propiedades del suelo, y seleccionar métodos apropiados para diferentes ecosistemas mejorará la precisión de la estimación del Fe-OC.