Las macrófitas sumergidas en ambientes acuáticos eutróficos se adaptan a los cambios en los niveles de nitrógeno amoniacal (NH-N) modificando sus niveles de aminoácidos libres (FAAs) y carbohidratos solubles (SCs). Como simbiontes de las macrófitas sumergidas, las bacterias epifíticas tienen una obvia especificidad hacia el hospedador. En el presente estudio, se evaluaron las diferencias interespecíficas en los contenidos de FAA y SC de (Linn. f.) Roylep, Hara y Gmelin y sus comunidades bacterianas epifíticas en respuesta a las concentraciones aumentadas de NH-N. Los resultados revelaron que la respuesta de las tres macrófitas sumergidas al estrés por NH-N involucró el consumo de SCs y la producción de FAAs. La concentración de NH-N tuvo un mayor impacto en la variación del contenido de FAA, mientras que la variación en el contenido de SC fue influenciada principalmente por la especie. A nivel de filo, la abundancia relativa de Nitrospirota en las hojas mostró diferencias específicas, con el orden > > Los géneros dominantes de bacterias epifíticas con efectos de desnitrificación en y hojas fueron y, respectivamente. Al enfrentarse al estrés por NH-N, la variación en las poblaciones bacterianas epifíticas asociadas con la oxidación de amoníaco y la desnitrificación entre las macrófitas sumergidas podría contribuir a sus respuestas divergentes a los niveles elevados de nitrógeno.