Este estudio evalúa la eficacia del metabarcoding de ADN ambiental (eDNA) y el censo visual submarino (UVC) en la evaluación de la diversidad de comunidades macrobentónicas submareales. Comparamos el eDNA del agua, el eDNA del sedimento y los métodos tradicionales de UVC en las Islas Nanji, China. El eDNA del sedimento demostró un rendimiento superior en la detección de filos bentónicos clave como Annelida y Arthropoda, mientras que el UVC fue más efectivo para organismos grandes y activos. La integración de estos métodos proporciona una evaluación de biodiversidad más completa, destacando la importancia de combinar técnicas moleculares y tradicionales para estrategias efectivas de conservación y gestión en ecosistemas marinos.