La diarrea post-destete es común en los lechones, causando enormes pérdidas económicas en todo el mundo. Se han reportado asociaciones entre el desafío de LPS, la inflamación intestinal y la microbiota en cerdos cruzados Duroc x Landrace x Yorkshire (DLY). Sin embargo, los efectos del desafío de LPS en otras razas siguen siendo poco claros. En el presente estudio, realizamos un análisis comparativo exhaustivo de los efectos del desafío de LPS en la morfología de la mucosa yeyunal, la composición microbiana yeyunal y los índices séricos en dos razas de cerdos: DLY y Heigai, una raza indígena china. Los resultados mostraron que el LPS causó un daño considerable en la morfología de la mucosa, aumentó los niveles séricos de citoquinas inflamatorias y el índice de permeabilidad intestinal, y disminuyó el índice de capacidad antioxidante. El desafío de LPS también cambió la composición y estructura microbiana del yeyuno, aumentando significativamente las abundancias en los cerdos DLY y disminuyendo las de los cerdos Heigai. Además, el desafío de LPS provocó cambios funcionales en el metabolismo energético y actividades relacionadas con la respuesta al estrés en la comunidad bacteriana yeyunal, aliviando la respuesta inflamatoria en los cerdos Heigai. Este estudio también reveló que los cerdos Heigai tenían una respuesta inmune más débil al desafío de LPS que los cerdos DLY, e identificó varios géneros relacionados con los fenotipos específicos de la raza de los cerdos Heigai. Nuestros hallazgos colectivos descubrieron diferencias entre los cerdos Heigai y DLY en la inflamación intestinal y la disbiosis microbiana inducida por el desafío de LPS, proporcionando una base teórica para desentrañar el mecanismo de la inflamación intestinal en los cerdos y proponiendo candidatos microbianos involucrados en la resistencia a la diarrea en los lechones.