El objetivo de este estudio fue investigar las posibles diferencias genotípicas entre los aislamientos comensales de animales aparentemente sanos (AHA) en el momento de su entrada a los corrales de engorde y aquellos de animales afectados por BRD (BRD-AA). Se siguieron un total de 20 lotes de terneros de carne en siete corrales de engorde durante el período de engorde. Se aisló de un 28.1% de AHA y un 22.9% de BRD-AA. Todos los aislamientos pertenecían al genotipo A: L3. La mayoría de los aislamientos de casos clínicos (81.0%) se agruparon en un clúster de PFGE que se asoció significativamente con casos de BRD (OR, 24.9; IC del 95%, 6.4-96.2). Se secuenciaron y compararon los genomas completos de 14 aislamientos representativos de los pulsotipos más frecuentemente detectados en BRD-AA y AHA con 53 genomas bovinos pertenecientes a los genotipos ST13, ST79 y ST80 para una comparación global. No se encontraron diferencias en el contenido de genes asociados a la virulencia entre los tipos de secuencia (STs) a nivel global ni entre los aislamientos de BRD-AA y AHA en este estudio. Significativamente, los aislamientos ST79 portaban ARGs, que confieren resistencia a diferentes antimicrobianos, incluidos macrólidos y tetraciclinas, que se utilizan comúnmente para el tratamiento de BRD. Dos aislamientos españoles ST79 llevaban un ICE muy similar al ICE Tn, que fue detectado recientemente en Alemania, lo que sugiere que los aislamientos ST79 en Europa y América del Norte pueden estar asociados con diferentes ICEs.