Los begomovirus, que pertenecen a la familia y al género Begomovirus, son virus de ADN que son transmitidos por moscas blancas (Gennadius) de manera circulativa y persistente. Pueden adaptarse fácilmente a nuevos hospedadores y entornos debido a su amplio rango de hospedadores y distribución global. Sin embargo, los factores responsables de su adaptabilidad y las fuerzas coevolutivas aún están por explorarse. Entre los BGV, el TYLCV exhibe el rango más amplio de hospedadores. En este estudio, hemos identificado sitios de aminoácidos variables y coevolutivos en las proteínas de los aislados de TYLCV de Viejo Mundo (África, India, Japón y Oceanía) y Nuevo Mundo (América Central y del Sur). Nos enfocamos en las mutaciones en la proteína de la cápside (CP), ya que es altamente variable e interactúa tanto con los vectores como con las plantas hospedadoras. Nuestras observaciones indican que algunas mutaciones se estaban acumulando en los aislados de TYLCV del Viejo Mundo debido a la selección positiva, siendo la mutación S149N de particular interés. Esta mutación está asociada con aislados de TYLCV que se han propagado en Europa y Asia y es dominante en el 78% de los aislados de TYLCV. Por otro lado, la mutación S149T está restringida a aislados de Arabia Saudita. Además, exploramos las implicaciones de estos cambios de aminoácidos a través de modelado estructural. Los resultados presentados en este estudio sugieren que ciertas regiones hipervariables en el genoma de TYLCV son conservadas y pueden ser importantes para adaptarse a diferentes entornos hospedadores. Estas regiones podrían contribuir a la robustez mutacional del virus, permitiéndole persistir en diferentes poblaciones de hospedadores.