Los transposones (TE) son conocidos por cambiar la expresión y función de los genes, y posteriormente causar la especiación y evolución de las plantas. Sin embargo, se requieren enfoques eficientes y nuevos para investigar el papel de los TEs en las variaciones estructurales del genoma de las plantas. Aquí, informamos sobre el método llamado matriz-TE para investigar de manera integral la diferenciación de TEs LTR completos y truncados en arroz a lo largo de genomas completos con especial atención en las regiones centroméricas. Se identificaron seis super-familias de TEs LTR en los genomas de arroz, y las referencias de ORF de TE fueron extraídas mediante análisis filogenético. Se observaron picos de TE específicos de arroz P- y P-, los cuales fueron analizados posteriormente mediante un ajuste de la función de densidad de probabilidad gaussiana (GPDF). Se observó el pico de TE individual P- en las regiones centroméricas del genoma. Con el método matriz-TE, la divergencia de los genomas de arroz, especialmente en sus regiones centroméricas, se debió principalmente a eventos de inserción de / en 0.77 Mya. Nuestros datos indican que el enfoque optimizado de matriz-TE puede ser utilizado para analizar específicamente el contenido de TE, la evolución de la familia y el tiempo de las inserciones de TE.