(1) Antecedentes: La leishmaniasis autóctona, una enfermedad transmitida por mosquitos de arena causada por los parásitos protozoarios, ha sido reportada en pacientes inmunocomprometidos e inmunocompetentes en la provincia sur de Tailandia. Aparte de los genomas recientes de los aislados del norte, se conoce poca información sobre la aparición y genética de estos parásitos. (2) Métodos: Este estudio secuenció y comparó los genomas del aislado PCM2 y del aislado PCM3 con los de los aislados del norte y otras 14 especies utilizando métodos de secuenciación de genoma completo de lectura corta y análisis bioinformáticos comparativos. (3) Resultados: Los genomas de los aislados del sur fueron de 30.01 Mbp y 32.39 Mbp, y la comparación con los genomas de los aislados del norte reveló similitud a nivel de especie con un nivel de variación en el genoma y el proteoma, sugiriendo diferentes cepas. El análisis comparativo del proteoma mostró seis grupos de proteínas con 53 proteínas únicas para la cepa PCM2 y 97 para la cepa PCM3. Ciertas proteínas estaban relacionadas con la virulencia, la resistencia a fármacos y la respuesta al estrés. (4) Conclusión: Por lo tanto, los hallazgos podrían indicar la necesidad de una mayor investigación genética y genómica poblacional, así como un monitoreo cercano de los parásitos en Tailandia y regiones vecinas.