La comparación de las huellas genómicas en razas de gallinas con diferentes historias de selección es una herramienta poderosa para elucidar las regiones genómicas que han sido objeto de selección reciente y más antigua. En el presente trabajo, nuestro objetivo fue examinar y comparar las trayectorias de la selección artificial en los genomas de las razas nativas de tipo huevo, Russian White (RW), y de tipo carne, White Cornish (WC). Combinando tres estadísticas diferentes (el 0.1% superior de SNP por valor en la comparación de razas por pares, análisis hapFLK e identificación de islas ROH compartidas por más del 50% de los individuos), detectamos 45 regiones genómicas bajo selección putativa, incluyendo 11 regiones de barrido selectivo, que fueron detectadas por al menos dos métodos diferentes. Cuatro de estas regiones fueron específicas de cada raza: para RW (en GGA1, GGA5, GGA8 y GGA9) y para WC (en GGA1, GGA5, GGA8 y GGA28), mientras que las tres regiones restantes en GGA2 (dos barridos) y GGA3 fueron comunes a ambas razas. La mayoría de las regiones genómicas identificadas se superpusieron con QTLs conocidos y/o genes candidatos, incluyendo aquellos para temperaturas corporales, productividad de huevos y consumo de alimento en gallinas RW, y aquellos para crecimiento, características de carne y canal, y eficiencia alimentaria en gallinas WC. Estos hallazgos fueron concordantes con el origen de la raza y la historia de su selección artificial. Determinamos un conjunto de 188 genes candidatos priorizados recuperados de las 11 regiones superpuestas de selección putativa y revisamos sus funciones en relación con los rasgos fenotípicos de interés en las dos razas. Una de las regiones de barrido específicas de RW albergaba el conocido gen de domesticación. El análisis de ontología genética y anotación funcional proporcionó información adicional sobre la coherencia funcional de los genes en las regiones de barrido. También mostramos una mayor riqueza de genes candidatos en microcromosomas en relación con macrocromosomas en estas áreas genómicas. Nuestros resultados sobre la historia de selección de las gallinas RW y WC y sus genes candidatos clave bajo selección sirven como información profunda para la conservación futura de su diversidad genómica y cría eficiente.