La Caracterización Comparativa del Genoma Completo del Virus de la Fiebre Porcina Africana Detectado en Tailandia
Autores: Salman, Muhammad; Venkateswaran, Dhithya; Prakash, Anwesha; Nguyen, Quynh Anh; Suntisukwattana, Roypim; Atthaapa, Waranya; Tantituvanont, Angkana; Songkasupa, Tapanut; Deemagarn, Taweewat; Bhakha, Kultyarat; Pengpetch, Nuttun; Saenboonrueng, Janya; Thaweerattanasinp, Theeradej; Jongkaewwattana, Anan; Nilubol, Dachrit
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
La Caracterización Comparativa del Genoma Completo del Virus de la Fiebre Porcina Africana Detectado en Tailandia
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Zootecnia
Palabras clave
Virus de la fiebre porcina africana
Genotipo II
Diversidad genómica
Análisis filogenético
Variaciones genéticas
SNP
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 9
Citaciones: Sin citaciones
El virus de la fiebre porcina africana (ASFV) ha sido responsable de las devastadoras epidemias a nivel mundial en cerdos salvajes y domesticados. De los 24 genotipos de ASFV identificados, el genotipo II es la causa principal de la pandemia que ha ocurrido en Europa y Asia desde su aparición en Georgia en 2007. El estudio actual tuvo como objetivo caracterizar el patrón genómico completo de la cepa de ASFV de Tailandia, TH1_22/CR (Número de acceso PP915735), que luego se comparó con la diversidad genómica de otros aislados asiáticos utilizando Georgia 2007/1 (Número de acceso FR682468) como referencia. El ADN viral se aisló de la muestra de bazo de cerdo tras la preparación de la biblioteca y la secuenciación de extremos emparejados utilizando la plataforma MiSeq Illumina. El aislado TH1_22/CR secuenciado abarcó 189,395 nucleótidos que codifican 193 marcos de lectura abiertos (ORFs), exhibiendo una similitud máxima de nucleótidos (99.99%) con los aislados georgianos (Georgia 2007/1) y chinos (Wuhan 2019-1 y China HLJ). Basado en el análisis filogenético, el aislado TH1_22/CR (Número de acceso PP915735) fue caracterizado como genotipo II, serogrupo 8 e IGR-II debido a la presencia de tres secuencias de repeticiones en tándem (TRSs). Se identificaron variaciones genéticas, incluyendo SNPs e indels de nucleótidos simples y polinucleotídicos en TH1_22/CR, de acuerdo con otros aislados asiáticos. Para un análisis exhaustivo, el genoma se dividió en cuatro regiones (I-IV) basadas en la ubicación de los genes. En general, el aislado TH1_22/CR demostró ocho SNPs e indels en su genoma. Se informaron dos SNPs únicos en las regiones codificantes del aislado TH1_22/CR, de los cuales, se observó una sustitución C-591-T en MGF 360-4L y se encontró una C-297-T en A238L, y se informaron cuatro SNPs únicos en regiones no codificantes (NCRs). Además, se observó una deleción de 29 pb en el IGR entre MGF 110-13La y MGF 110-13Lb, así como una deleción de 52 pb en el gen ASFV G ACD 00350. Este análisis comparativo establece la información fundamental para futuros estudios sobre la diversidad y filogeografía de este subgrupo genético de ASFV de importancia regional.
Descripción
El virus de la fiebre porcina africana (ASFV) ha sido responsable de las devastadoras epidemias a nivel mundial en cerdos salvajes y domesticados. De los 24 genotipos de ASFV identificados, el genotipo II es la causa principal de la pandemia que ha ocurrido en Europa y Asia desde su aparición en Georgia en 2007. El estudio actual tuvo como objetivo caracterizar el patrón genómico completo de la cepa de ASFV de Tailandia, TH1_22/CR (Número de acceso PP915735), que luego se comparó con la diversidad genómica de otros aislados asiáticos utilizando Georgia 2007/1 (Número de acceso FR682468) como referencia. El ADN viral se aisló de la muestra de bazo de cerdo tras la preparación de la biblioteca y la secuenciación de extremos emparejados utilizando la plataforma MiSeq Illumina. El aislado TH1_22/CR secuenciado abarcó 189,395 nucleótidos que codifican 193 marcos de lectura abiertos (ORFs), exhibiendo una similitud máxima de nucleótidos (99.99%) con los aislados georgianos (Georgia 2007/1) y chinos (Wuhan 2019-1 y China HLJ). Basado en el análisis filogenético, el aislado TH1_22/CR (Número de acceso PP915735) fue caracterizado como genotipo II, serogrupo 8 e IGR-II debido a la presencia de tres secuencias de repeticiones en tándem (TRSs). Se identificaron variaciones genéticas, incluyendo SNPs e indels de nucleótidos simples y polinucleotídicos en TH1_22/CR, de acuerdo con otros aislados asiáticos. Para un análisis exhaustivo, el genoma se dividió en cuatro regiones (I-IV) basadas en la ubicación de los genes. En general, el aislado TH1_22/CR demostró ocho SNPs e indels en su genoma. Se informaron dos SNPs únicos en las regiones codificantes del aislado TH1_22/CR, de los cuales, se observó una sustitución C-591-T en MGF 360-4L y se encontró una C-297-T en A238L, y se informaron cuatro SNPs únicos en regiones no codificantes (NCRs). Además, se observó una deleción de 29 pb en el IGR entre MGF 110-13La y MGF 110-13Lb, así como una deleción de 52 pb en el gen ASFV G ACD 00350. Este análisis comparativo establece la información fundamental para futuros estudios sobre la diversidad y filogeografía de este subgrupo genético de ASFV de importancia regional.