Las proteínas FN-III están ampliamente distribuidas en los mamíferos y generalmente están involucradas en el crecimiento celular, la diferenciación y la adhesión. El FNDC5/irisina regula el metabolismo energético y está presente en diferentes tejidos (hígado, cerebro, etc.). El presente estudio tuvo como objetivo investigar las características fisicoquímicas y la evolución de las proteínas FN-III y FNDC5/irisina como un ligando que se dirige a los receptores gonadales, incluidos el receptor de andrógenos (AR), el factor asociado a DDB1 y CUL4 6 (DCAF6), el receptor relacionado con estrógenos beta (ERR-beta), el receptor relacionado con estrógenos (ERR-), el factor similar a Krüppel 15 (KLF15) y el miembro 1 de la subfamilia 3 del receptor nuclear (NR3C1). Además, también se elucidó el papel putativo de la irisina en la foliculogénesis y la espermatogénesis. Presentamos la estructura molecular y la función de 29 genes ampliamente distribuidos en el genoma del búfalo. El análisis filogenético, los motivos y el patrón de dominios conservados demostraron la naturaleza evolutivamente bien conservada de las proteínas FN-III con una variedad de propiedades estables a inestables, hidrofóbicas a hidrofílicas y termostables a termo-inestables. La configuración estructural comparativa de FNDC5 reveló variaciones en los aminoácidos, pero aún así la estructura de FNDC5 de humanos, búfalos y ganado era bastante similar entre sí. Por primera vez, predijimos las puntuaciones de unión y los residuos de interfaz de FNDC5/irisina como un ligando para seis receptores representativos que tienen un papel funcional en la homeostasis energética y una participación significativa en la foliculogénesis y la espermatogénesis en búfalos.