La estructura del genoma mitocondrial de un grupo de teleósteos se considera generalmente conservadora. Sin embargo, se han identificado dos tipos de arreglos genéticos en los mitogenomas de los Anguilliformes. En este estudio, informamos sobre el genoma mitocondrial completo de (Anguilliformes (Congridae)). Para esta investigación, primero se analizó la estructura y composición del genoma mitocondrial. A diferencia del patrón típico de arreglo genético en otras especies de Anguilliformes, el mitogenoma ha sufrido un rearrangement genético. Los genes y los genes conjuntos fueron translocados a la ubicación entre los genes y, y una región D-loop duplicada fue translocada para moverse río arriba del gen. En segundo lugar, se llevó a cabo un análisis genómico comparativo entre los mitogenomas de y . Se encontró que el arreglo genético entre ellos era altamente consistente, en comparación con los mitogenomas publicados. En tercer lugar, reproducimos el posible proceso evolutivo de rearrangement genético en mitogenomas y atribuimos tal ocurrencia a eventos de repetición en tándem y pérdida aleatoria. En cuarto lugar, se realizó un análisis filogenético de los Anguilliformes, y los resultados de agrupamiento apoyaron la hipótesis de no monofilia respecto a los Congridae. Este estudio se espera que proporcione una nueva perspectiva sobre el mitogenoma y establezca la base para la exploración futura de los mecanismos de rearrangement genético.