Los fungicidas químicos son una intervención frecuentemente utilizada para el control de la marchitez del crisantemo, pero ya no se consideran respetuosos con el medio ambiente. Sin embargo, los biofungicidas ofrecen una de las mejores alternativas para reducir el uso de fungicidas químicos. En este estudio, se llevaron a cabo una serie de experimentos de invernadero de dos años para evaluar el fungicida químico aplicado al suelo (dazomet, DZ) y el biofungicida (agente de biocontrol combinado con NCD-2, BF) para controlar la marchitez del crisantemo y sus efectos sobre la microbiota del suelo de la rizosfera. Los resultados indicaron que DZ y BF mostraron una buena eficacia en el control de la marchitez del crisantemo en la evaluación de dos años de aplicación. Sin embargo, el tratamiento con DZ disminuyó significativamente las actividades de catalasa y ureasa en el suelo en comparación con el control, mientras que BF mostró un aumento significativo en las relaciones bacteria/hongo (B/H), ureasa del suelo y actividades de fosfatasa ácida. Las abundancias de posibles patógenos de plantas , y también fueron menores, mientras que los microorganismos potencialmente promotores del crecimiento de plantas como la bacteria y sp. fueron mayores en el tratamiento con BF que en el control. Nuestros hallazgos sugirieron que el efecto general de la biota del suelo en el crecimiento del crisantemo fue más positivo y fuerte en el tratamiento con BF que en el tratamiento con DZ.