Las altas propiedades nutricionales de la quinua han resultado en un aumento de la producción a nivel mundial. La resistencia a los estreses ambientales hace que este cultivo sea adecuado para sistemas agrícolas sostenibles. Pocos estudios han examinado el impacto de diferentes estrategias de manejo agrícola y su contribución al cambio climático. En este trabajo, cuantificamos las emisiones de gases de efecto invernadero (GEI) del suelo, en términos de dióxido de carbono (CO), metano (CH) y óxido nitroso (NO), y la productividad de los cultivos (rendimientos y biomasa) bajo fertilización convencional (urea) y orgánica (digestato). Se reportan diferencias significativas (<0.05) en las emisiones acumulativas de NO entre digestato (50-100 kg N ha), urea (50-100 kg N ha) y el control (0 kg N ha). Se observan mayores emisiones acumulativas de GEI bajo 100 kg N ha de digestato (337.8 kg C ha CO y 0.23 kg N ha para NO) en comparación con tratamientos con menores aportes de nitrógeno (N). Sin embargo, el rendimiento y la producción de biomasa no muestran diferencias significativas (>0.05) con el aumento de la aplicación de nutrientes. Por lo tanto, este estudio abre la discusión sobre los pros y los contras de aumentar la fertilización para mejorar los rendimientos, además de proporcionar a los trabajadores de extensión agrícola información adicional para promover la producción sostenible de quinua a nivel mundial.