La expresión de proteínas transitorias es una herramienta versátil con diversas aplicaciones y se puede utilizar en sojas para estudiar la función de los genes, obtener mutantes y producir proteínas para uso comercial. Sin embargo, las sojas se consideran recalcitrantes para la agroinfiltración. Estudios posteriores en sojas han demostrado una expresión de proteína fluorescente verde (GFP) en las vainas, pero no en las hojas, utilizando agroinfiltración con jeringa. Para evaluar los niveles de expresión de proteínas transitorias basadas en agroinfiltración en células vegetales, utilizamos el vector de expresión transitoria pTKB3 que alberga el gen. Se realizaron agroinfiltraciones al vacío de las hojas y agroinfiltraciones con aguja de las plántulas de diferentes variedades de soja. La GFP se expresó transitoriamente en todas las muestras. Sin embargo, las variedades Enrei y Williams 82 presentaron mejores resultados que las otras variedades en el tejido foliar, con resultados confirmados por análisis de inmunoblot, demostrando que ambas variedades son buenos candidatos para estudios de biología molecular. La expresión de GFP en las plántulas fue menos extensa que en las hojas, lo que puede deberse a las características del tejido, siendo Enrei la que mostró los mejores resultados. Con base en esta observación, concluimos que el sistema Tsukuba es una herramienta efectiva que se puede utilizar para diferentes tejidos y variedades de soja.