La comunidad bacteriana y la actividad enzimática del suelo dependen de las condiciones del suelo y del manejo. La fertilización es un enfoque importante para mantener y mejorar las actividades enzimáticas y la diversidad de la comunidad microbiana. Aunque se han explorado los efectos de la aplicación de fertilizantes en la comunidad microbiana del suelo y parámetros relacionados, los efectos en el microbioma del suelo asociados con los órganos de la planta de trigo, incluidos los asociados con las raíces y las espiguillas, no son bien conocidos. Por lo tanto, en este estudio, mediante un enfoque de secuenciación, evaluamos los efectos de los fertilizantes inorgánicos, el estiércol y el biocarbón en las actividades enzimáticas del suelo, la diversidad y estructura de la comunidad bacteriana en el suelo a granel, la rizosfera, las raíces y las espiguillas de trigo (L.). Para esto, se utilizaron diferentes tratamientos de biocarbón (BC), estiércol (OM), fertilizante mineral bajo (HL), fertilizante mineral alto (HF) y sin fertilizante (FO) para las actividades enzimáticas y la diversidad de la estructura de la comunidad bacteriana probadas. Los resultados mostraron que la aplicación de enmiendas orgánicas aumentó el nitrógeno total, el fósforo disponible en el suelo y el potasio en comparación con el fertilizante inorgánico y el control, especialmente en la rizosfera. Las actividades enzimáticas fueron generalmente más altas en la rizosfera que en el suelo a granel y las enmiendas orgánicas aumentaron las actividades de fosfatasa ácida (AcP), beta-1,4--acetil-glucosaminidasa (NAG) y fenol oxidasa (PhOx). En comparación con el suelo y la rizosfera, la diversidad bacteriana fue menor en las raíces de trigo y aún menor en la espiguilla. Desde el suelo a granel, la rizosfera hasta las raíces, los regímenes de fertilización mantuvieron la diversidad bacteriana, mientras que la enmienda orgánica aumentó la diversidad bacteriana en la espiguilla. Los regímenes de fertilización influenciaron significativamente las abundancias relativas de 74 géneros en 12 filos en los cuatro compartimentos. Interesantemente, la abundancia relativa de (, , , y no clasificado) en la espiguilla disminuyó al aumentar el fertilizante inorgánico y aún más con estiércol y biocarbón, mientras que las de ( y un no clasificado) y ( y ) aumentaron. Los resultados sugieren que las posibles funciones bacterianas tanto de las raíces como de las partes aéreas del trigo se verían alteradas por diferentes regímenes de enmiendas orgánicas (estiércol y biocarbón).