Los montes submarinos son el bioma oceánico menos conocido. Considerados puntos críticos de biodiversidad, oasis de biomasa y refugios para la megafauna, existen grandes lagunas en su verdadera diversidad en comparación con otros ecosistemas como los arrecifes de coral. Utilizando la metabarcodificación de ADN ambiental (eDNA) y video con cebos (BRUVS), comparamos los ensamblajes de peces en cinco entornos de diferentes profundidades: arrecifes de coral (15 m), montes submarinos poco profundos (50 m), pendientes continentales (150 m), montes submarinos intermedios (250 m) y montes submarinos profundos (500 m). Modelamos los ensamblajes utilizando 12 variables ambientales y encontramos que la profundidad es el principal factor que influye en la diversidad y biomasa de los peces, aunque otras variables como la accesibilidad humana también fueron importantes. Los Árboles de Regresión Aumentada (BRT) revelaron un fuerte efecto negativo de la profundidad sobre la riqueza de especies, segregando los arrecifes de coral de los entornos de aguas profundas. Sorprendentemente, los BRT mostraron un efecto en forma de joroba de la profundidad sobre la biomasa de los peces, con una biomasa significativamente menor en los arrecifes de coral que en los entornos de aguas profundas más superficiales. La biomasa de grandes depredadores como los tiburones fue tres veces mayor en los montes submarinos poco profundos (50 m) que en los arrecifes de coral. Los cinco entornos estudiados mostraron ensamblajes bastante distintos. Sin embargo, las especies compartidas entre los arrecifes de coral y los entornos de aguas profundas estaban dominadas por grandes depredadores altamente móviles. Nuestros resultados sugieren que los montes submarinos no son puntos críticos de diversidad para los peces. Sin embargo, mostramos que los montes submarinos más superficiales forman oasis de biomasa y refugios para la megafauna amenazada, lo que sugiere que se debe dar prioridad a su protección.