La microbiota intestinal es una población diversa y compleja, y tiene un papel clave en la salud del hospedador y su adaptabilidad al entorno. El presente estudio investigó la comunidad bacteriana fecal de yaks salvajes en pastoreo (WG) y yaks domésticos en pastoreo (DG) en pastos naturales, analizando la microbiota intestinal mediante secuenciación de 16S rRNA para evaluar la diversidad bacteriana. Se seleccionaron un total de 48 muestras fecales de yak de dos hábitats de pastoreo diferentes. El grupo DG tenía más proteínas brutas y carbohidratos no fibrosos. El grupo WG tenía más materia orgánica, fibra dietética insoluble como NDF, ADF, extracto etéreo y TC. Había 165 y 142 unidades taxonómicas operativas (OTUs) únicas en los grupos WG y DG, respectivamente. El análisis del índice de Shannon reveló una mayor diversidad bacteriana en el grupo WG que en el grupo DG. A nivel de filo, los Firmicutes fueron los taxones bacterianos dominantes en ambos grupos. La abundancia relativa de Firmicutes en el grupo WG fue mayor que en el grupo DG. A nivel de familia, el grupo WG tuvo una abundancia significativamente mayor de ( < 0.001) y ( < 0.001) que el grupo DG. Las abundancias de y fueron más pronunciadas en el grupo DG que en el grupo WG a nivel de género. Este estudio presenta una nueva comprensión de las comunidades bacterianas de los rumiantes y sus posibles aplicaciones para la producción ganadera.