La prueba electiva para la determinación de la etiopatogenia de las efusiones está representada por el análisis fisicoquímico y la citología. Sin embargo, el cultivo bacteriano y las pruebas de sensibilidad a antibióticos son cruciales para establecer la terapia y para el resultado. Este estudio comparó la citología con la microbiología en el diagnóstico etiológico de efusiones exudativas en cavidades corporales en perros y gatos recolectadas desde octubre de 2018 hasta octubre de 2022. Todas las muestras fueron sometidas a cultivo aeróbico y anaeróbico y a examen citológico. Las identificaciones bacterianas se confirmaron utilizando espectrometría de masas por desorción/ionización láser asistida por matriz (MALDI-TOF), mientras que las muestras citológicas fueron evaluadas a ciegas ya sea en muestras teñidas con May Grunwald-Giemsa (MGG) o con Gram por dos patólogos clínicos certificados. Se reveló un acuerdo moderado ( = 0.454) entre la citología y el cultivo bacteriano. La sensibilidad de la evaluación citológica en nuestro estudio varió del 38.5% al 67.9%, y la especificidad varió del 88.9% al 100%, dependiendo del tipo de efusión, por lo que la citología puede no ser representativa de la etiopatogenia, mientras que el cultivo bacteriano puede identificar erróneamente o no aislar al patógeno correcto debido a dificultades en el crecimiento in vitro por la presencia de sustancias inhibitorias o contaminación. Los resultados de la citología y del cultivo bacteriano para efusiones exudativas en cavidades corporales en perros y gatos pueden ser engañosos si se realizan por separado, por lo que estas dos pruebas deben realizarse juntas para aumentar la precisión diagnóstica.