Los huesos intermusculares (IBs) son pequeños huesos en forma de espículas ubicados en los mioseptos de los teleósteos basales, que afectan negativamente la comestibilidad y el valor económico de los peces. El besugo de hocico romo, con IBs epineurales y epipleurales, y la tilapia, sin IBs epineurales y epipleurales, son dos especies principales de acuicultura y modelos ideales para estudiar los mecanismos de formación de los IBs en los peces. Aquí, comparamos el desarrollo de los mioseptos entre ambas especies, basándonos en análisis histológicos, perfilado de transcriptomas y análisis de expresión de genes relacionados con el hueso. Los resultados histológicos mostraron que la condensación del tinte comenzó a aparecer en los mioseptos 20 días después de la eclosión (dph) en el besugo, y los IBs pudieron ser observados claramente a los 50 dph en los mioseptos, según diferentes métodos de tinción. Sin embargo, en la tilapia, no se observó condensación del tinte en los mioseptos desde los 10 hasta los 60 dph. Se seleccionaron genes diferencialmente expresados (DEGs) en diferentes etapas de desarrollo al comparar los transcriptomas de ambas especies, y el análisis de KEGG demostró que estos DEGs estaban enriquecidos en muchas vías relacionadas con el hueso, como la adhesión focal, el calcio y las vías de señalización de Wnt. Se realizó PCR cuantitativa para comparar aún más los niveles de expresión de algunos genes relacionados con el hueso. Todos los genes probados (excepto uno) mostraron niveles de expresión más altos en el besugo que en la tilapia. Una comparación de los tejidos musculares dorsales y abdominales entre las dos especies también reveló diferencias significativas de expresión para la mayoría de los genes probados. Los resultados sugieren que los genes estudiados pueden desempeñar roles importantes en el desarrollo de los IBs. Nuestros hallazgos proporcionan algunas ideas sobre los mecanismos moleculares de formación de los IBs, así como pistas para un análisis funcional adicional de los genes identificados para comprender mejor el desarrollo de los IBs.