La tortuga de caparazón blando china es una tortuga de acuicultura de agua dulce importante debido a su sabor y valor nutricional y medicinal. Se deberían desarrollar modos de cultivo ecológicos más, como la co-cultivación de arroz y tortugas, para satisfacer la demanda de beneficios ecológicos. Comparamos el crecimiento, los parámetros fisiológicos y los datos del transcriptoma para detectar las respuestas fisiológicas y los mecanismos regulatorios de las tortugas cultivadas en estanques en comparación con las tortugas co-cultivadas. Las tortugas co-cultivadas crecieron más lentamente que las tortugas cultivadas en estanques. El índice gonadosomático de las tortugas machos co-cultivadas fue más bajo que el de las tortugas machos cultivadas en estanques, y tanto el índice de grasa mesentérica como el índice de grasa de las extremidades fueron más bajos en las tortugas co-cultivadas que en las tortugas cultivadas en estanques. La glucosa en sangre de las tortugas co-cultivadas fue significativamente más baja que la glucosa de las tortugas cultivadas en estanques, mientras que los valores de creatinina, ácido úrico, nitrógeno ureico en sangre, fosfatasa alcalina, fosfatasa ácida, GOT y CAT fueron más altos en las tortugas co-cultivadas que en las tortugas cultivadas en estanques. En total, se identificaron 246 y 598 genes expresados diferencialmente (GEDs) en el cerebro y el intestino de las tortugas cultivadas en los dos modos diferentes, respectivamente. Más GEDs estaban relacionados con el procesamiento de información ambiental, el metabolismo y las enfermedades humanas. En el cerebro, las principales vías enriquecidas de los GEDs incluían la vía de regulación de la longevidad, el metabolismo de glicerolípidos, la interacción citoquina-receptor de citoquina, la vía de señalización del receptor tipo Toll y la vía de señalización PI3K-Akt, mientras que en el intestino, las principales vías enriquecidas de los GEDs incluían el ciclo celular, la replicación del ADN, la senescencia celular y la vía de señalización p53. Las tortugas se aclimataron a las diferentes condiciones de cultivo ajustando su crecimiento, características fisiológicas y bioquímicas y la expresión génica relacionada durante un corto período de cultivo.