La marchitez de la papa es una enfermedad fúngica transmitida por el suelo que puede dañar seriamente las papas durante su período de crecimiento y ocurre en diferentes grados en las principales áreas productoras de papa en China. Para reducir el uso de agentes químicos y mejorar el efecto de los agentes de biocontrol, se compararon los efectos inhibitorios del caldo de fermentación de ZWZ-19 (B) y PT-29 (T) bajo condiciones de cultivo único y co-cultivo. Además, se realizó un análisis metabolómico de los caldos de fermentación. Los resultados mostraron que el efecto inhibitorio del caldo de fermentación de co-cultivo con una relación de inoculación de 1:1 (B1T1) fue mejor que el de los caldos de fermentación cultivados por separado y tuvo el mejor efecto de control en un experimento en macetas. Utilizando análisis de LC-MS, se determinaron 134 metabolitos y se clasificaron en diferentes tipos de aminoácidos. Además, 10 vías metabólicas presentaron las variaciones más significativas, y 12 estaban relacionadas con el metabolismo de aminoácidos en el análisis de KEGG. Se realizó un análisis de correlación de los 79 metabolitos diferenciales generados a través de la comparación integral entre B, T y B1T1, y los resultados mostraron que los aminoácidos altamente abundantes en B1T1 estaban correlacionados con los aminoácidos en B, pero no en T.