El encharcamiento se está convirtiendo en un problema global, afectando el crecimiento y el rendimiento de los cultivos en áreas bajas de secano. Se utilizó una línea DH, TamF169, que muestra una tolerancia superior al encharcamiento, y su progenitor sensible al encharcamiento, Franklin, para realizar análisis de transcriptoma. Los resultados mostraron que se detectaron 2209 y 2578 genes expresados diferencialmente (GEDs) en Franklin y 1997 y 1709 GEDs en TamF169 al comparar los niveles de expresión génica bajo control y encharcamiento después de 4 y 8 días, respectivamente, con 392 y 257 GEDs siendo específicos de TamF169 después de 4 y 8 días bajo encharcamiento, respectivamente. El análisis de KEGG mostró que las vías de glucólisis/gluconeogénesis, la vía de señalización MAPK, la señalización de hormonas vegetales y las vías de metabolismo de galactosa estaban significativamente enriquecidas en el genotipo tolerante al encharcamiento TamF169 cuatro días después del encharcamiento. Los resultados de qPCR fueron consistentes con los datos del transcriptoma, sugiriendo la fiabilidad de la secuenciación del transcriptoma. Un total de 13 genes en la región de mapeo de un QTL para aerenquima cortical radicular (RCA) mostraron diferentes niveles de expresión en Franklin o TamF169, y se discuten los posibles genes candidatos. Este estudio ofrece información valiosa sobre el mecanismo de tolerancia al estrés por encharcamiento en la línea DH TamF169 y proporciona los genes candidatos para .