La composición del tejido adiposo contribuye en gran medida a la calidad y el valor nutricional de la carne. Se utilizaron técnicas transcriptómicas y lipidómicas para investigar los mecanismos moleculares de las diferencias en la deposición de grasa en cerdos Ningxiang, Berkshires y descendencia F. El análisis transcriptómico identificó 680, 592 y 380 genes expresados diferencialmente (DEGs) en las comparaciones de cerdos Ningxiang vs. Berkshires, Berkshires vs. descendencia F, y cerdos Ningxiang vs. descendencia F. El análisis lipidómico seleccionó 423, 252 y 50 lípidos de cadena corta (SCLs) en las comparaciones de cerdos Ningxiang vs. Berkshires, Berkshires vs. descendencia F, y cerdos Ningxiang vs. descendencia F. La lisina, la serina y la vía de metabolismo de la treonina, así como las vías relacionadas con la biosíntesis y el metabolismo de ácidos grasos, se enriquecieron significativamente en las comparaciones de Berkshires vs. cerdos Ningxiang y Berkshires vs. descendencia F. Los DEGs y los SCLs (fosfatidilserinas) pueden tener un gran impacto en la vía de metabolismo de la glicina, serina y treonina. Además, los DEGs y los SCLs (ácido palmitoleico, ácido linoleico, ácido araquidónico y ácido icosadienoico) desempeñan roles importantes en la biosíntesis y el metabolismo de ácidos grasos. Así, la diferencia en la deposición de grasa entre los cerdos Ningxiang, Berkshires y la descendencia F puede ser causada por diferencias en los patrones de expresión de genes clave en múltiples vías KEGG enriquecidas. Esta investigación reveló múltiples lípidos que son potenciales indicadores biológicos y seleccionó genes clave que son objetivos potenciales para el diseño molecular en la cría. La investigación también exploró los mecanismos moleculares de la diferencia en la deposición de grasa entre los cerdos Ningxiang, Berkshires y cerdos F, y proporcionó una visión sobre la selección para el grosor de la grasa dorsal y la composición de grasa del tejido adiposo para futuras estrategias de cría.