La iniciación transcripcional de los genes está estrechamente relacionada con las funciones de los elementos reguladores, incluidos los promotores, los potenciadores típicos (TEs) y los superpotenciadores (SEs) recientemente identificados. En este estudio, identificamos estos elementos reguladores en los hígados de dos razas de cerdos chinos (Meishan y Enshi Black) y dos razas occidentales (Duroc y Large White) utilizando datos de ChIP-seq, y luego exploramos sus similitudes y diferencias. Además, analizamos la conservación de los SEs entre diferentes tejidos y especies (cerdo, humano y ratón). Observamos que los SEs estaban significativamente más enriquecidos en las regiones de iniciación transcripcional, sitios de unión de TF y SNPs que otros elementos. Las razas occidentales incluían menos SEs en número, mientras que más QTLs relacionados con el crecimiento estaban asociados con estos SEs. Además, los SEs eran altamente específicos de tejido y estaban conservados en el hígado entre humanos, cerdos y ratones. Concluimos que una intensa selección podría concentrar SEs funcionales; por lo tanto, los SEs podrían aplicarse como regiones de detección efectivas en la cría por selección genómica.