Evaluación comparativa de sondas de RMN para la descripción experimental de las vías de plegamiento de proteínas con RMN a alta presión
Autores: Van Deuren, Vincent; Yang, Yin-Shan; de Guillen, Karine; Dubois, Cécile; Royer, Catherine Anne; Roumestand, Christian; Barthe, Philippe
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2021
Acceso abierto
Artículo científico
2021
Evaluación comparativa de sondas de RMN para la descripción experimental de las vías de plegamiento de proteínas con RMN a alta presión
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Proteínas
Vías de plegamiento
RMN
Amida NH
Grupos CalphaHalpha
Grupos CH
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 29
Citaciones: Sin citaciones
La NMR multidimensional proporciona intrínsecamente múltiples sondas que se pueden utilizar para descifrar las rutas de plegamiento de las proteínas: los grupos NH amida y CalphaHalpha están estratégicamente ubicados en la cadena principal de la proteína, mientras que los grupos CH, en la cadena lateral de residuos metilados, están involucrados en interacciones estabilizadoras importantes en el núcleo hidrofóbico. Combinados con alta presión hidrostática, estos observables proporcionan una herramienta poderosa para explorar los paisajes conformacionales de las proteínas. En el presente estudio, realizamos una evaluación comparativa de los grupos NH, CalphaHalpha y CH para analizar la ruta de desdoblamiento de la Nucleasa Estafilocócica delta+PHS. Estas sondas ofrecen una descripción similar de la ruta de plegamiento, con parámetros termodinámicos prácticamente idénticos para la reacción de desdoblamiento, a pesar de algunas diferencias notables. Así, si el desdoblamiento parcial comienza a la misma presión para estos observables (especialmente en el caso de las sondas de la cadena principal) y afecta a regiones similares de la molécula, los residuos involucrados en la pérdida de contacto no son necesariamente los mismos. Además, se observó un ligero desplazamiento inesperado hacia presiones más altas en la secuencia del escenario de desdoblamiento con CalphaHalpha en comparación con los grupos amida.
Descripción
La NMR multidimensional proporciona intrínsecamente múltiples sondas que se pueden utilizar para descifrar las rutas de plegamiento de las proteínas: los grupos NH amida y CalphaHalpha están estratégicamente ubicados en la cadena principal de la proteína, mientras que los grupos CH, en la cadena lateral de residuos metilados, están involucrados en interacciones estabilizadoras importantes en el núcleo hidrofóbico. Combinados con alta presión hidrostática, estos observables proporcionan una herramienta poderosa para explorar los paisajes conformacionales de las proteínas. En el presente estudio, realizamos una evaluación comparativa de los grupos NH, CalphaHalpha y CH para analizar la ruta de desdoblamiento de la Nucleasa Estafilocócica delta+PHS. Estas sondas ofrecen una descripción similar de la ruta de plegamiento, con parámetros termodinámicos prácticamente idénticos para la reacción de desdoblamiento, a pesar de algunas diferencias notables. Así, si el desdoblamiento parcial comienza a la misma presión para estos observables (especialmente en el caso de las sondas de la cadena principal) y afecta a regiones similares de la molécula, los residuos involucrados en la pérdida de contacto no son necesariamente los mismos. Además, se observó un ligero desplazamiento inesperado hacia presiones más altas en la secuencia del escenario de desdoblamiento con CalphaHalpha en comparación con los grupos amida.