Para identificar conjuntos de genes que exhiben características de expresión similares, se construyeron redes de coexpresión a partir de conjuntos de datos de transcriptoma obtenidos de muestras de plantas en diversas etapas de crecimiento y desarrollo o tratadas con diversos estreses bióticos, abióticos y otros estreses ambientales. Además, el análisis de redes de coexpresión puede proporcionar una comprensión más profunda de la regulación génica cuando se combina con transcriptómica. La coordinación e integración de todas estas complejas redes para deducir la regulación génica son grandes desafíos para los biólogos de plantas. Python y R han surgido como herramientas principales para gestionar datos científicos complejos en la última década. En este estudio, describimos un protocolo reproducible POTFUL (reguladores de factores de transcripción de coexpresión de plantas), implementado en Python 3, para integrar redes de coexpresión y redes de proteínas objetivo de factores de transcripción para inferir la regulación génica.