Mejorar a través de la introgressión de los componentes genómicos de sus especies parentales es una estrategia de cría importante. La hibridación interespecífica entre y es compatible con una alta tasa de supervivencia de óvulos, mientras que la hibridación entre y es incompatible con la alta ocurrencia de aborto embrionario. Para entender el diverso destino del embrión en las dos hibridaciones interespecíficas, aquí se emplearon las siliquas de polinizadas con (AE) y (NE) para la secuenciación del transcriptoma a los 8 y 16 días después de la polinización. En comparación con NE y la línea parental de , se obtuvieron más genes expresados diferencialmente específicos (DEGs) (1274 y 1698) en AE y la línea parental de a los 8 y 16 días después de la polinización (DAP). Estos números fueron 51 y 5.8 veces más altos que el número de DEGs específicos en NE y la línea parental de a los 8 y 16 DAP, respectivamente, lo que sugiere cambios transcripcionales más complejos en AE. La mayoría de los DEGs en términos de crecimiento celular y formación de la pared celular mostraron patrones de expresión regulados a la baja (96(abajo)/131(todos) en AE8, 174(abajo)/235(todos) en AE16), mientras que la mayoría de los DEGs en los procesos de fotosíntesis, fotorespiración, peroxisoma, estrés oxidativo y resistencia adquirida sistémica mostraron patrones de expresión regulados al alza (222(arriba)/304(todos) en AE8, 214(arriba)/287(todos) en AE16). Esto está de acuerdo con un alto nivel de especies reactivas de oxígeno (ROS) en las siliquas de polinizadas con . Nuestros datos sugieren que el desorden del metabolismo de las hormonas vegetales, la retardación de la morfogénesis celular y la acumulación de ROS pueden estar asociados con la incompatibilidad híbrida entre y .